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CAUX Johnatan


Parallélisation et optimisation d’un simulateur de morphogenèse d’organes - Application aux éléments du rein

Vendredi 30 novembre 2012 - 14h30 - Salle A102 - ISIMA

Afin de simplifier la création de modèle de simulation, la société Integrative BioComputing (IBC) développe depuis le début des années 2000 un prototype d’une Plateforme Générique de Modélisation et de Simulation(la PGMS). Afin d’améliorer drastiquement les performances de la PGMS, il a été décidé de paralléliser et d’optimiser l’implémentation de celle-ci. Le travail réalisé au cours de cette thèse a donc consisté à traiter différents aspects de la modélisation et de la simulation de systèmes biologiques afin d’accélérer les traitements de ceux-ci. Parmi les différentes architectures disponibles pour paralléliser une telle application, notre choix s’est porté sur l’utilisation de GPU (Graphical Processing Unit) à des fins de calculs généraliste aussi couramment appelé GPGPU (General-Purpose computation on Graphics Processing Units). Mes travaux ont donc consisté à paralléliser sur GPU les calculs les plus importants de la PGMS et optimiser les zones de code les plus gourmandes en temps de calcul.

Jury :

Marc Daumas - Professeur, PROMES, Perpignan, rapporteur
Stéphane Vialle - Professeur, SUPELEC, Metz, rapporteur
David R.C. Hill, Professeur, LIMOS, Clermont-Fd, directeur de thèse
Alexandre Muzy, Docteur, LISA, corte, examinateur
Pridi Siregar, Docteur, Integrative BioComputing, Rennes, examinateur
Lydia Maigne - Maître de Conférences, LPC, Clermont-Fd, examinateur
Nathalie Julen, Docteur, Integrative BioComputing, Rennes, invité