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Accueil > Publications > Thèses > Archives Thèses > Thèses 2016 - 2017

FAVRE Marie


Reconstruction de réseaux de Petri X’-déterministes à partir de séries temporelles X

Mercredi 1er mars 2017 - 14 h 00 - Bâtiment ISIMA

L’objectif de la biologie des systèmes est l’analyse de systèmes biologiques, la compréhension des phénomènes qui y interagissent pour mieux comprendre les processus biologiques sous-jacents. Des données expérimentales sont interprétées en termes de modèles. En fonction de l’objet biologique, du type et de la qualité des données, différents modèles mathématiques sont utilisés.
Notre travail traite des réseaux de Petri. Un réseau (P ; T ; A ;w) représente un système par les composants impliqués dans les processus observés, les « places » p > P et par leurs interactions, les « transitions » t > T, reliés par des arcs orientés pondérés. Chaque « place » p > P peut être marquée avec un nombre entier de jetons définissant un état du système x > ZSPS. Les processus dynamiques sont représentés par des séquences de changement d’état, réalisées par la commutation, l’exécution, l’activation ou le franchissement d’une « transition » autorisée/activable.
Ce travail vise à reconstruire des réseaux de Petri, modélisant des systèmes biologiques à partir de séries temporelles expérimentales X.. Les modèles reconstruits doivent reproduire le comportement dynamique observé expérimentalement dans une simulation.
Nous considérons les réseaux de Petri avec des relations de priorité entre les « transitions » et des « control-arcs », afin de contrôler le comportement dynamique de nos modèles.
La contribution de ce travail de thèse ambitionne de présenter une nouvelle méthode de reconstruction intégrative, en prenant en compte les deux concepts, des relations de priorité entre les « transitions » et des « control-arcs ». Notre approche est basée sur des travaux antérieurs pour des cas particuliers et montre comment ces étapes connues doivent être modifiées et combinées pour générer les modèles désirés, appelés réseaux de Petri étendus « X.-déterministes ».

Mots clés : Réseaux de Petri, séries temporelles, relations de priorités, « controlarcs », réseaux de Petri X.-déterministes.

Jury :

Franck Pommereau, Professeur, IBISC, Rapporteur
Claudine Chaouiya, Professeur, IGC, Rapporteur
Annie Château, Maitre de Conférence, LIRMM, , Examinateur
Elisabetta de Maria, Maitre de Conférence, I3S, Examinateur
Engelbert Mephu Nguifo, Professeur, LIMOS, Co-encadrement de thèse
Farouk Toumani, Professeur, LIMOS, Directeur de thèse